La Scuola della Filarmonica Pisana ha una lunga tradizione che ne fa la scuola di musica più antica della città.
Non tutti sanno che fin dai primi del 1900, seguendo l'antica tradizione delle bande, presso la la Società Filarmonica Pisana era possibile lo studio di uno strumento a fiato o percussione; tale studio era per lo più finalizzato all'incremento del corpo bandistico. Soltanto dopo molti anni, per merito del Maestro Scilio Biagetti venne fondata la Scuola di Musica con un'offerta formativa allargata anche agli strumenti estranei all'usuale organico bandistico.
Un'ulteriore svolta all'organizzazione della Scuola è stata data alla fine degli anni ottanta, con il riconoscimento dell'importanza dell'esperienza musicale nella crescita ed educazione dei bambini; in quel periodo vennero introdotti i corsi di musica di propedeutica musicale, dedicati ai bambini in età di scuola materna e scuola primaria. Tali corsi si sono evoluti nel tempo grazie alla presenza di un corpo insegnanti specializzato.
La scuola è cresciuta negli anni grazie all'impegno costante dei docenti e dei direttori, arrivando a coprire l'insegnamento di tutte le materie principali e complementari per conseguire il diploma di strumento presso i Conservatori di Stato e Istituti Musicali Pareggiati.
Al giorno d'oggi la Scuola di Musica della Società Filarmonica Pisana da la possibiltà di fare musica a chiunque permetendo di approfondire e migliorare i propri studi sia attraverso la partecipazione a saggi, laboratori di musica di insieme ed iniziative di vario tipo, come formazioni cameristiche, che con la partecipazione a concerti con il Complesso di Legni Ottoni e Percussioni ed il Coro.
I percorsi musicali che si possono fare nella Scuola di Musica riguardano vari stili che vanno dal classico, lirico, moderno ed al jazz. Questi possono essere sia percorsi professionali, che seguono le linee guida date dall'Istituto per l'alta formazione Giacomo Puccini di La Spezia (corsi pre-AFAM), con il quale è in essere una convenzione, che percorsi di studio individuali non professionali dedicati a coloro che vogliono studiare uno strumento musicale per pura passione e divertimento personale. Sono inoltre possibili percorsi di ascolto guidato con docenti qualificati e corsi di propedeutica musicale per bambini